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Im Jahr 2120 kontrollieren fünf Unternehmen die Erde und das kolonisierte Sonnensystem, darunter die kürzlich gegründete Prodigy Corporation. Die USCSS Maginot, ein Weyland-Yutani-Weltraumforschungsschiff der C-Klasse, nähert sich der Erde nach einer 65-jährigen Expedition zur Beschaffung außerirdischer Proben, darunter Facehugger. Auf Prodigys Forschungsinsel Neverland wird ein todkrankes Kind namens Marcy Hermit zum ersten Hybriden; ihr Bewusstsein wird in einen erwachsenen synthetischen Körper übertragen; sie nennt sich Wendy. Mit Hilfe ihres synthetischen Mentors Kirsh gewöhnt sich Wendy an ihren neuen Körper und beaufsichtigt mehrere andere Kinder, die sich der Prozedur unterziehen. Eine Fehlfunktion beeinträchtigt die Navigation der Maginot und bringt sie auf Kollisionskurs mit der Erde. Einige Proben entkommen, und ein erwachsener Xenomorph tötet den Großteil der Besatzung. Die Maginot stürzt in einen Turm in Prodigy City, New Siam, wo Wendys menschlicher Bruder Joe Hermit als Sanitäter und Unternehmenssoldat arbeitet. CEO Boy Kavalier behauptet, der Inhalt der Maginot gehöre nun Prodigy und schickt Kirsh, Wendy und die anderen Hybriden zur Unterstützung bei der Suche und Rettung, um ihre verbesserten Fähigkeiten zu testen. Sicherheitsoffizier Morrow, der den Absturz in einem verstärkten Panikraum überlebt hat, eilt zum Schutz der Ladung und nimmt zwei Prodigy-Soldaten fest, die von einem blutegelartigen Exemplar getötet werden. Wendy sagt gegenüber Kirsh, dass sie ihren Bruder vor dem Tod retten will.