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Eine Handvoll Gangster hat im Auftrag einer ausländischen Macht einige amerikanische Flugabwehrraketen gestohlen. Jedoch sind diese Geschütze ohne das Leitsystem, das Professor Willis zusammen mit der hochbegabten Studentin Kate entwickelt hat, wertlos. Professor Willis bittet MacGyver um Hilfe, denn Kate wird von der Spionageabwehr gesucht, denn sie hat sich in den Rechner des Verteidigungsministeriums gehackt und ist so an streng geheime Abwehrtechnologie herangekommen. Doch bevor er ihr helfen kann, wird Kate von den Gangstern entführt …