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Die Piloten unterziehen sich gerade einem Synchronisations-Test im NERV Hauptquartier, als plötzlich ein neuer Engel mitten in der Basis austaucht. Was zuerst wie Korrosion aussah entpuppt sich als Millionen mikroskopischer Organismen, die sich wie Computer-Schaltkreise verhalten. Der Engel übernimmt zwei der drei MAGI-Supercomputer, bevor Ritsuko ihn verlangsamen kann. Wenn der dritte MAGI-Computer übernommen wird kann der Engel die Selbstzerstörung der Basis auslösen…