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Nach einer Zeitreise mit einer Atomuhr finden sich die Turtles im Jahr 1890 wieder. Dort treffen sie den berühmten Detektiv Sherlock Holmes und seinen Assistenten Dr. Watson, die Professor Moriarty auf der Spur sind. Dieser hat die Atomuhr gestohlen, um die Zukunft zu bestimmen. Die Turtles müssen die Atomuhr zurückholen, bevor Moriarty sie nutzt, um die Geschichte zu ändern und sich selbst zum Kaiser der Welt zu ernennen.