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Als der frühere Alcatraz-Gefängniswächter Elijah Tiller tot in seinem Haus gefunden wird, findet die junge Mordkommissarin Rebecca Madsen Fingerabdrücke eines gewissen Jack Sylvane, eines ehemaligen Alcatraz-Insassen, der laut den Unterlagen bereits vor Jahrzehnten tot ist. Daraufhin holt sie sich Hilfe beim Alcatraz-Experten Dr. Diego Soto, und zusammen finden sie unter Alcatraz einen geheimen Raum, von dem aus Emerson Hauser eine Spezialeinheit leitet. Unterdessen hat der Gesuchte Sylvane einen gewissen Flynn ausfindig gemacht, diesem einen großen Schlüssel entwendet und ihn anschließend getötet. Nachdem er Madsen bei einer Verfolgungsjagd entkommen ist, besucht er seinen Bruder und zwingt diesen, mit ihm zu kommen. Am Grab von Jacks verstorbener Frau können Madsen und Hauser Sylvane schließlich festnehmen, wobei dieser zugibt, dass die ganze Aktion ein Auftrag war. Daraufhin werden Madsen und Soto in Hausers Sondereinheit aufgenommen. Zum Schluss bringt Hauser Sylvane in ein unterirdisches Gefängnis, das identisch aufgebaut ist wie Alcatraz.