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Ein junger Mann, Iori Kitahara, erwacht an einem einsamen Strand, splitterfasernackt, wie es scheint, findet sich aber, als er sich umblickt, unvermittelt in eine belebte Straße versetzt und hat keinerlei Erinnerung daran, wie es dazu kommen konnte. Den auf seinen Körper geschriebenen Hinweisen nachgehend, gelangt er so auf den Campus einer Universität und kann dort wenigstens etwas zum Anziehen ergattern. Auf diese Weise lernt er auch den etwa gleichaltrigen Kouhei Imamura kennen, der wie Iori selber ebenfalls nackt auf der Straße erwacht ist. Den hinterlassenen Hinweisen zufolge führt die Spur ihres Schicksals auf eine der Izu-Inseln zu der Tauchschule »Grand Blue«, zu der sie sich im Folgenden aufmachen. Dort trifft Iori auf seine Cousine Chisa, auf die er, den ungünstigen Umständen geschuldet, nicht den günstigsten Eindruck macht. Außerdem gibt es dort noch einen seltsamen Tauchclub namens »Diving Circle Peek-a-Boo«, zu dessen Mitgliedschaft er gedrängt wird. Obwohl er allmählich Gefallen an dem freien Leben findet und auch der Cousine allmählich näherkommen zu können scheint, will er eigentlich doch nur in Ruhe gelassen werden und das Leben inmitten schöner Mädchen auf dem Campus genießen. Oder gibt es etwa doch etwas, was ihn auf dieser Insel halten kann?