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Giratina ist das einzige Pokémon, das in der Gegenwelt lebt, einem unbekannten Nachbarbereich unserer Welt. Voller Wut über Palkias und Dialgas Störung von Raum und Zeit zerrt es Dialga in die Gegenwelt, um mit ihm zu kämpfen. Aber der Konflikt wird vom winzigen Shaymin, dem Dankbarkeits-Pokémon, beigelegt!
Nachdem Shaymin die Gegenwelt verlassen und Ash und dessen Freunde getroffen hat, bittet Shaymin telepathisch um Hilfe, denn es möchte mit den anderen Shaymin im Blumengarten zusammen sein.
Kurz nachdem Ash und seine Freunde zugestimmt haben, Shaymin zu helfen, werden sie in die Gegenwelt entführt und treffen dort auf Professor Newton, der dieses geheimnisvolle Reich erforscht. Sie ahnen nicht, dass Newtons ehemaliger Assistent, Zero, die Macht von Giratina nutzen will, um sich zum Herrscher der Gegenwelt aufzuschwingen – selbst, wenn er dazu die echte Welt zerstören muss!
Können unsere Helden und ihre Pokémon Zeros böse Pläne vereiteln und beide Welten schützen? Wird Giratina seinen Streit mit Dialga beilegen? Und was erfahren Ash und seine Freunde über das besondere Shaymin?