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Das ausgeklügelte Sicherheitssystem im unterirdischen Scylla-Raum der Company erweist sich zwar als nahezu perfekt, aber natürlich nimmt Michael mit seinem Team die große Herausforderung an. Leider muss er sich auch noch gedanklich auf die längst überfällige Gehirnoperation vorbereiten, von der Sara ihn überzeugt hat. Und so steht er ausgerechnet jetzt seinem Team nicht hundertprozentig zur Verfügung. Unterdessen ist T-Bag davon überzeugt, dass Trishanne für das FBI arbeitet, womit er ja fast richtig liegt, und überlegt gemeinsam mit Gretchen, wie man Self und Trishanne loswerden könnte. Und während Gretchen mit ganzem Körpereinsatz versucht, dem General die letzte Scylla-Karte zu entwenden und Michaels Team die Vorbereitungen für den Einbruch vorantreibt, hat Lisa die Planungen zur Verlegung von Scylla beinahe abgeschlossen. Und so beginnt ein gnadenloser Wettlauf mit der Zeit...