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Ichabods Erzfeind steht von den Toten auf und kehrt zurück. Um ihn zu besiegen, bitten Ichabod und Abbie zwei Freunde um Hilfe. Die Wissenschaftlerin Temperance Brennan, die auch „die Knochenjägerin“ genannt wird, und ihren Partner Seeley Booth. Ichabod und Abbie wollen die uralten Rätsel mit modernster Wissenschaft lösen.