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Während der Clubrekrutierungswoche an der First High School werden Honoka und Shizuku, die rundum hervorragende Schüler sind, von verschiedenen Clubs gebeten, sich anzuschließen. Als sie von Clubmitgliedern überfallen werden, kommt Eimi zu Hilfe und die drei werden schnell Freunde. Auf dem Heimweg von der Schule erleben Honoka und ihre Freunde, wie Tatsuya, die kürzlich Mitglied des Disziplinarkomitees geworden ist, von jemandem angegriffen wird. Eimi, die von ihrem Interesse an diesem Vorfall und an Tatsuya getrieben wird, beschließt herauszufinden, wer der Angreifer ist. Honoka und Shizuku werden in Eimis Ermittlungen hineingezogen und die drei Mädchen gründen den Girls’ Detective Club.