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Die CIA fängt im Jahre 1998 in Osteuropa eine Festplatte ab, auf der Informationen zu bevorstehenden Anschlägen von Al-Qaida gespeichert sein könnten. Professor Martin Schmidt (Peter Sarsgaard), Leiter der CIA Counterterrorism Station, will die daraus gewonnenen Erkenntnisse aber nicht mit dem FBI teilen, da er befürchtet, dieses könne vorschnell Verhaftungen vornehmen - und damit die Chance zerstören, zu höherrangigen Terrorpaten vorzudringen. Genau entgegengesetzter Meinung ist natürlich FBI Counterterrorism-Chef John O'Neill (Jeff Daniels), der sich zu jeder passenden Gelegenheit über seinen CIA-Rivalen beschwert - zum Beispiel im Weißen Haus beim dort amtierenden Counterterrorism-Chef Richard Clarke (Michael Stuhlbarg). Ali Soufan (Tahar Rahim), einer der wenigen FBI-Agenten mit Arabischkenntnissen, gilt indes als großer Hoffnungsträger im FBI, das sich mit dem Verständnis seines immer mächtiger werdenden Gegenspielers Osama bin Laden äußerst schwertut