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Faragonda ist seit Valtors Angriff auf Alfea spurlos verschwunden. Die Winx begeben sich mit den Elfen auf die Suche nach ihrer Rektorin. Erster Anlaufpunkt ist der Wald der Dunkelheit, wo die bunte Truppe auch recht bald auf Anzeichen eines heftigen Kampfes stößt. Als Flora Kontakt mit den Bäumen des Waldes aufnimmt, erfährt sie, dass Valtor nach dem Kampf in Richtung Wolkenturm-Schule geflogen ist. Während die Elfen das Gelände weiter nach Spuren von Faragonda durchkämmen, machen sich die Winx auf den Weg zum Wolkenturm. Unheimliche Ruhe empfängt sie. Die Hexenschule wirkt wie ausgestorben: Wie sich herausstellt, wurden sämtliche Schülerinnen von Valtor in einen Zustand der Bewegungslosigkeit versetzt. Starr wie Eis warten sie darauf, für ihren nächsten Kampf wieder zum Leben erweckt zu werden. Schließlich stoßen die Feen in den Kerkern des Wolkenturms auf die Hexen-Rektorin Miss Griffin – und auf eine heiße Spur zu Faragonda...