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Agent XIII (Stuart Townsend) versucht nach dem Verlust seiner Erinnerung immer noch dem Geheimnis seiner Identität auf die Spur zu kommen: Er folgt den Spuren bis zu einem paramilitärischen Trainingscamp im Nordwest-Pazifik namens „Bitterroot“. Für welche geheime Mission wurde er hier ausgebildet? Bei seinen Nachforschungen legt er sich mit Camp-Leiter Rech an. Um sein Ziel zu erreichen, muss XIII das Trainingsprogramm überleben und darf nicht als Spion auffliegen. Doch dafür muss er einen tödlichen Preis zahlen.